在電熱水鍋爐使用過程中，水垢是影響鍋爐運行效率以及使用壽命的重要因素，為了保證電熱水鍋爐能夠安全經濟的運行，需要有措施進行水垢清理。
1.酸洗除垢法：酸洗除垢法大部分是采用鹽酸或硝酸來清洗的。酸洗液是由鹽酸加緩蝕劑或硝酸加緩蝕劑組成的。這種酸洗液既能消除鍋爐中的水垢(除硝酸鹽水垢時，需添加氫氟酸)，又極少腐蝕燃氣熱水鍋爐。
2.機械除垢法：當電熱水鍋爐爐內有疏松的水垢和水渣時，停爐后使鑄鐵熱水鍋爐冷卻、放掉爐水，用清水沖洗后，即可用扁鏟、鋼絲刷和機動銑管器進行除垢。
3.堿煮除垢法：堿煮除垢法除垢，其效果要比酸洗除垢法差，但是堿煮后由于水垢松，因此對于難以用鹽酸清除的水垢，在酸洗前也可以用堿煮法進行一次予處理。電熱水鍋爐堿煮法操作簡單，副作用也比較小。
